L'alimentation du manchot papou est très variée et constituée principalement de poissons, mais aussi de crustacés, calmars, poulpes et vers marins, pêchés à des profondeurs pouvant atteindre 150 mètres. Les proies sont capturées en bordure des côtes, pour cet oiseau qui ne s'éloigne guère à plus de 30 kilomètres de son lieu de reproduction.  Le temps passé pour rejoindre les lieux de pêche étant faible, l'oiseau passe un minimum de temps à se nourrir.

Les adultes défendent très peu leurs œufs et leurs jeunes poussins des skuas et des goélands dominicains qui en prélèvent d'importantes quantités. Les chionis prélèvent également des œufs et les pétrels géants capturent de temps en temps des poussins.