Yves de Kerguelen repart des îles le 9 janvier à destination de Madagascar, sans avoir poussé plus loin ses investigations, contrairement aux ordres du Roi.

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A son retour en France, Kerguelen fait l'objet de nombreuses plaintes et comparait devant un conseil de guerre à Brest. Il est condamné, le 15 mai 1775, à la radiation définitive de la Marine, six ans de forteresse et l'interdiction de publier des ouvrages. Yves de Kerguelen sera finalement libéré après trois années de forteresse à Saumur. Il publiera tout de même sa relation de voyage, qui sera mise au pilon. Sous la convention, Kerguelen fut promu amiral et mena des opérations navales contre les anglais. Il mourra en 1797, à Paris.