L’île de Croÿ possède une superficie d’environ 7 km². Elle est allongée suivant un axe ouest-est de 5,7 km que suit une ligne de crête élevée culminant à 518 mètres d’altitude. De part et d’autre, de fortes pentes sont ponctuées de ruptures. Un petit plateau avec des mares est situé au sud de l’île et une petite vallée s’étale au nord-ouest. Au niveau hydrographique, de nombreux ruisseaux parcourent l’île et la principale étendue d’eau est le lac Claudine.

Les périodes de brouillard sont plus fréquentes - îles Nuageuses obliges - et les précipitations plus abondantes dans cette partie des îles Kerguelen qu’au niveau de la base de Port-aux-Français, située à l’est de l’archipel.