A l'instar des plantes supérieures, la faune des invertébrés des îles Kerguelen est caractérisée par une relative pauvreté en espèces par rapport aux régions tempérées du globe. Par exemple, il n'existe que 6 espèces de diptères (mouches) autochtones contre 6 500 pour la France métropolitaine. D'autres espèces d'insectes colonisent différents milieux, ainsi que des araignées, des acariens, des lombrics... Les eaux douces sont colonisées par des crustacés et d'autres organismes. De nombreux parasites vivent d'autre part aux dépends des oiseaux et mammifères marins. Il n'y a aucune espèce d'insectes piqueurs, tels que les moustiques qui infestent les milieux nordiques. Contrairement aux milieux terrestres, la faune des invertébrés marins est beaucoup plus riche.