Les îles Kerguelen n'échappent pas au changement climatique qui frappe l'ensemble de notre planète. Depuis les années 1960, les températures moyennes annuelles ont augmenté de 1,3°C et le nombre de jours de gel a diminué de 20 à 30 jours par an au cours des 20 dernières années. Les précipitations ont elles aussi diminué, à la fois en quantité et en fréquence, en particulier pendant les périodes estivales.

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Cette évolution climatique agit en faveur des plantes et des insectes introduits et au détriment de la flore et de la faune autochtones qui se trouvent fragilisées, avec ce que cela implique sur la biodiversité de ces îles exceptionnelles.