L'enseigne de vaisseau Mohr et une quarantaine de matelots sont envoyés à terre pour rapporter de la nourriture fraîche. Ils font la chasse aux lapins et récoltent des choux de Kerguelen. Des moules sont également ramassées sur les rochers du littoral. L'hydravion du navire effectue régulièrement des photographies aériennes du territoire et des reconnaissances en mer pour prévenir de l'arrivée éventuelle de bateaux ennemis. Le 10 janvier 1941, après 26 jours passés dans les îles Kerguelen, l'Atlantis repart en chasse, déguisé en bateau norvégien portant le nom de Tamesis. Il sera finalement coulé le 21 novembre 1941 par le croiseur anglais Devonshire. Deux autres corsaires allemands passèrent par les îles Kerguelen pendant la seconde guerre mondiale, le Komet et le Pinguin.